商业秘密民事诉讼中，被告提出管辖权异议的程序如下：

第一，提出时间。被告应当在提交答辩状期间提出管辖权异议。

第二，提出方式。被告应当向受理案件的人民法院提交管辖权异议申请书。

第三，异议理由。被告可以基于以下理由提出管辖权异议：原告住所地法院无管辖权；侵权行为地法院无管辖权；案件应当由其他法院管辖等。

第四，审查决定。人民法院应当对管辖权异议进行审查，并作出裁定。

第五，救济途径。当事人对管辖权异议裁定不服的，可以在收到裁定之日起十日内提起上诉。

张泽生律师提醒，管辖权异议是被告的诉讼权利，但应当在法定期限内提出。