根据《关于修改侵犯商业秘密刑事案件立案追诉标准的决定》，商业秘密的权利人为减轻对商业运营、商业计划的损失或者重新恢复计算机信息系统安全、其他系统安全而支出的补救费用，应当计入给商业秘密的权利人造成的损失。

具体而言，权利人因商业秘密被侵犯而支出的以下合理费用可以计入损失：制止侵权行为的合理支出，包括调查费、公证费、差旅费等；为恢复商业秘密保密状态而支出的费用，如重新加密、系统升级等费用；因商业秘密泄露导致的安全补救费用，如计算机系统安全修复费用等。

需要注意的是，上述费用应当与侵权行为具有因果关系，且应当是合理、必要的支出。张泽生律师建议企业在发生商业秘密侵权后，应当妥善保存所有与维权相关的费用凭证，以便在刑事和民事程序中主张权利。