商业秘密附带民事诉讼与单独提起民事诉讼的主要区别如下：

第一，程序启动时间不同。附带民事诉讼只能在刑事诉讼过程中提起；单独民事诉讼可以在刑事案件审结后另行提起。

第二，审理程序不同。附带民事诉讼由审理刑事案件的同一审判组织审理，程序相对简化；单独民事诉讼按照民事诉讼程序进行。

第三，诉讼费用不同。附带民事诉讼不收取诉讼费用；单独民事诉讼需要缴纳案件受理费。

第四，审理期限不同。附带民事诉讼与刑事案件一并审理，期限相对较短；单独民事诉讼按照一审、二审程序进行，期限可能较长。

第五，证据标准不同。附带民事诉讼可以参考刑事案件认定的证据和事实；单独民事诉讼需要当事人自行举证。

张泽生律师建议，权利人应当根据案件具体情况选择合适的诉讼方式，以最大限度维护自身合法权益。