商业秘密案件的诉讼时效计算涉及多个重要问题。

一、诉讼时效期间
根据《民法典》第一百八十八条规定，普通诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。

二、商业秘密侵权的特殊时效问题

特殊问题一：持续侵权行为
如果侵权行为处于持续状态，诉讼时效从侵权行为终止之日起计算。权利人可在整个侵权持续期间内提起诉讼。

特殊问题二：商业秘密的秘密性存续
商业秘密的秘密性是时效计算的重要考量因素。商业秘密一旦被公开，权利基础消灭，但诉讼时效仍从权利人知道或应当知道侵权之日起计算。

特殊问题三：证据保全与时效
申请证据保全是中断诉讼时效的有效方式。

三、诉讼时效的中断
诉讼时效因下列情形而中断：
1. 权利人向义务人提出履行请求
2. 义务人同意履行义务
3. 权利人提起诉讼或者申请仲裁
4. 与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形

四、旧法与新法的衔接
2020年司法解释第二十八条规定，人民法院审理侵犯商业秘密民事案件，适用被诉侵权行为发生时的法律。被诉侵权行为在法律修改之前已经发生且持续到法律修改之后的，适用修改后的法律。

五、最长保护期间
根据《民法典》第一百八十八条第二款，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。

六、诉讼时效抗辩的放弃
被告未提出诉讼时效抗辩的，视为放弃该项抗辩权，法院不应主动适用诉讼时效规定。

张泽生律师提醒：企业发现商业秘密被侵犯后，应及时采取法律行动，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。

张泽生律师，持有律师执业证书、一级企业人力资源管理师证书、高级企业合规师证书、注册信息安全专业人员（CISP）证书、CCRC-TSPO商业秘密保护官资格，可提供企业商业秘密保护体系搭建辅导服务，联系电话：13901509672。