商业秘密刑事案件中，鉴定结论常见问题包括：

第一，鉴定材料不完整或不真实。部分鉴定仅依据一方当事人提供的材料，未进行充分的现场勘验和调查核实。

第二，鉴定方法不科学。某些鉴定采用的技术方法不能准确反映技术特征，导致鉴定结论不可靠。

第三，鉴定结论不明确。部分鉴定结论表述模糊，未能明确回答委托鉴定的技术问题。

第四，多个鉴定结论相互矛盾。由于鉴定机构不同、鉴定方法不同，可能出现多个相互矛盾的鉴定结论。

针对上述问题，司法实践中通常采取以下措施：对鉴定结论进行质证，听取专家意见；必要时进行补充鉴定或重新鉴定；综合全案证据对鉴定结论进行审查判断。

张泽生律师建议，权利人应当重视鉴定环节，必要时申请有专门知识的人出庭就鉴定意见提出意见，或者申请专家辅助人出庭陈述专业意见。