商业秘密刑事案件中，如果被告人潜逃或下落不明，公安机关可以采取以下措施：

第一，上网追逃。公安机关可以将被告人信息录入全国在逃人员信息系统，在全国范围内协查抓捕。

第二，网上通缉。对于应当逮捕的被告人，如果故意逃避侦查，可以发布通缉令。

第三，暂停审理。如果被告人不到案无法正常审理，法院可以裁定中止审理，待被告人归案后恢复审理。

第四，缺席判决。特殊情况下，对于被告人故意逃避审判的，法院可以依法缺席判决。

张泽生律师提醒，权利人发现被告人可能逃跑或下落不明时，应当及时向公安机关反映情况，提供被告人可能藏匿的线索。同时，权利人也可以先行提起民事诉讼，通过民事程序维护权益。