商业秘密刑事案件中的损失鉴定通常包括以下内容：

第一，权利人因被侵权造成销售利润的损失。根据规定，可以根据权利人因被侵权造成销售量减少的总数乘以每件产品的合理利润确定。

第二，侵权人因侵权获得的利益。即侵权人通过使用商业秘密所获得的利润或收入。

第三，商业秘密的合理许可使用费。如果无法确定损失数额或违法所得，可以参照商业秘密的合理许可使用费确定。

损失鉴定通常由司法会计鉴定机构进行。鉴定机构应当具有司法会计鉴定资质，鉴定人员应当具备相应的专业能力。

张泽生律师提醒，权利人选择鉴定机构时应当考虑以下因素：机构资质、专业能力、行业声誉、独立性等。如对鉴定结论有异议，可以申请补充鉴定或重新鉴定。