商业秘密刑事案件中，损失数额的评估需要注意以下问题：

第一，专业鉴定的必要性。损失数额的认定涉及财务分析、技术评估等专业问题，通常需要委托具有资质的鉴定机构进行鉴定。

第二，法院委托原则。司法鉴定一般由司法机关委托，权利人可以申请法院委托鉴定，但不宜自行委托单方鉴定。

第三，法院采信问题。权利人自行委托的评估报告，可能不被法院采信，需要经过质证程序。

第四，补充鉴定或重新鉴定。如果对鉴定结论有异议，可以申请补充鉴定或重新鉴定。

张泽生律师建议，权利人可以在报案时提供损失评估的参考意见，但最终损失数额的认定应当以司法鉴定结论为准。