商业秘密刑事案件中，相关当事人可以申请国家赔偿：

第一，赔偿请求人。受害的公民、法人或者其他组织有权要求赔偿。受害的公民死亡的，其继承人和其他有扶养关系的亲属有权要求赔偿。

第二，赔偿义务机关。错误拘留、错误逮捕、错误判决的国家承担赔偿责任的机关为赔偿义务机关。

第三，赔偿范围。违法对财产采取查封、扣押、冻结、追缴等措施的；依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的；刑讯逼供或者以殴打、虐待等行为造成公民身体伤害或者死亡的等情形，受害人有权申请国家赔偿。

第四，赔偿程序。赔偿请求人应当向赔偿义务机关提出申请，赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内作出决定。

张泽生律师提醒，国家赔偿是当事人的合法权利，如认为自身权利受到侵害，应当及时主张。