商业秘密刑事案件中被害人可以通过以下方式参与诉讼：1. 向公安机关报案，提供线索和证据；2. 作为证人作证；3. 在审查起诉阶段向检察院提供意见；4. 对检察院不起诉决定不服的，可以向上一级检察院申诉或直接向法院起诉；5. 在刑事审判中作为被害人出庭；6. 提起刑事附带民事诉讼或单独提起民事诉讼。

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