商业秘密保护中保密协议与员工手册的协调应当注意以下问题：（一）法律效力优先：保密协议是双方签订的合同，效力优先于员工手册中的单方规定；（二）内容衔接：员工手册中关于保密的规定应当与保密协议内容保持一致，避免矛盾；（三）适用范围明确：保密协议应当明确适用于所有接触商业秘密的员工，员工手册应当规定保密管理的基本制度；（四）更新机制：当保密协议内容更新时，员工手册应当同步更新；（五）签收确认：员工手册应当有员工签收确认，表明员工知悉并同意遵守；（六）公示程序：员工手册的制定和修改应当经过民主程序，并向全体员工公示；（七）补充约定：对于保密协议中未涉及但员工手册中规定的保密事项，可以作为保密协议的补充约定；（八）冲突处理：如保密协议与员工手册发生冲突，应当以保密协议为准。张泽生律师可为企业协调保密协议与员工手册的关系，联系电话：13901509672。