商业秘密侵权民事诉讼与刑事诉讼可能同时进行，需要注意协调配合。根据司法实践，民事诉讼与刑事诉讼的关系包括：一是在刑事案件审结前，民事案件可以中止审理；二是刑事判决认定的事实，在民事诉讼中可以作为证据使用；三是民事诉讼中获得的证据，可以依法移交刑事案件处理。张泽生律师建议当事人同时启动民事和刑事程序时，应当注意两种程序之间的协调，避免出现冲突或重复工作。在刑事案件审理过程中，民事诉讼的原告应当积极维护自身权益，及时申请恢复审理或另行起诉。