保密协议中约定商业秘密归单位所有通常有效：

约定效力：

1. 合同自由原则：当事人可以通过合同约定权利归属。

2. 职务成果默认规则：员工执行工作任务形成的成果默认归单位所有。

3. 诚实信用原则：员工对在工作过程中知悉的商业秘密负有保密义务。

张泽生律师建议：企业在制定保密协议时，应当明确约定商业秘密的归属，并确保约定内容公平合理。