商业秘密权利人对商业合作伙伴进行保密管理的措施包括：

第一，签订保密协议。与合作伙伴签订保密协议，明确双方的权利义务。

第二，明确保密范围。在保密协议中明确需要保密的商业秘密具体内容。

第三，限制信息共享。根据合作需要，限制向合作伙伴提供的商业秘密范围和数量。

第四，采取技术措施。对共享的商业秘密采取必要的技术保护措施。

第五，定期检查。定期检查合作伙伴的保密措施落实情况。

第六，及时维权。发现合作伙伴泄露商业秘密的，及时通过法律途径维权。

张泽生律师提醒，对商业合作伙伴的保密管理是企业商业秘密保护体系的重要环节，不可忽视。