商业秘密民事诉讼执行程序如下：

第一，申请执行。判决生效后，义务人不履行义务的，权利人可以向人民法院申请执行。

第二，申请期限。申请执行的期限为二年，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算。

第三，执行措施。人民法院可以采取查询、冻结、划拨存款；查封、扣押、拍卖、变卖财产；强制迁出房屋、强制退出土地等措施。

第四，执行异议。当事人、利害关系人认为执行行为违反法律规定的，可以提出异议。

张泽生律师提醒，权利人应当及时申请执行，避免超过申请期限。