商业秘密民事诉讼中，被告进行答辩的程序如下：

第一，提交答辩状期限。被告应当在收到起诉状副本之日起十五日内提出答辩状。

第二，答辩状内容。答辩状应当针对原告的诉讼请求、事实与理由进行回应，提出答辩意见和证据。

第三，答辩要点。被告可以就以下问题进行答辩：商业秘密是否成立；被告是否实施了侵权行为；原告主张的损失数额是否合理；等等。

第四，证据提交。被告应当在举证期限内提交证据材料。

张泽生律师建议被告，应当认真准备答辩意见和证据材料，必要时委托专业律师代理。