商业秘密权利人提起民事诉讼的程序如下：

第一，选择管辖法院。商业秘密民事案件一般由中级人民法院管辖，部分地区由知识产权法院管辖。权利人应当向有管辖权的法院起诉。

第二，准备诉讼材料。准备起诉状、证据目录、证据材料等。起诉状应当写明：原告和被告的基本信息；诉讼请求；事实与理由；证据清单等。

第三，提交诉讼材料。将起诉状及副本、证据材料等提交法院立案庭。

第四，缴纳诉讼费用。立案后，按照法院通知缴纳诉讼费用。

第五，参加诉讼。法院立案后，会安排开庭审理，权利人应当按时参加诉讼。

张泽生律师提醒，民事诉讼是维护商业秘密权益的重要途径，权利人应当委托专业律师代理诉讼。