商业秘密刑事案件中，权利人申请强制执行的程序如下：

第一，申请条件。刑事判决、裁定生效后，被告人未按判决、裁定指定的期限履行给付义务的，权利人可以申请强制执行。

第二，申请期限。申请执行的期限为二年，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算。

第三，申请程序。权利人应当向第一审人民法院或者同级的被执行人财产所在地人民法院提交执行申请书，并附具相关法律文书。

第四，执行措施。法院可以采取查封、扣押、冻结、划拨、拍卖、变卖等执行措施。

第五，执行监督。权利人对执行有异议的，可以向执行法院提出。

张泽生律师提醒，权利人应当及时申请强制执行，避免超过申请期限。