商业秘密刑事案件中，罚金的适用规则如下：

第一，罚金刑的适用范围。根据刑法规定，侵犯商业秘密罪的刑罚包括有期徒刑、拘役和罚金，可以并处或单处罚金。

第二，罚金数额的确定。刑法没有规定罚金的具体数额标准，由法院根据犯罪情节、违法所得数额等综合确定。

第三，单位犯罪的罚金。对单位判处罚金时，罚金数额根据单位犯罪的性质、情节、危害后果等确定。

第四，罚金的执行。罚金由人民法院执行，被判处罚金的被告人应当按期缴纳。

张泽生律师提醒，权利人虽然不能直接获得罚金，但罚金刑的适用可以体现对侵权行为的严厉制裁。