商业秘密刑事案件中，申请重新鉴定需要注意以下问题：

第一，申请条件。当事人可以对鉴定意见提出异议，申请重新鉴定。申请重新鉴定的事由包括：鉴定机构或者鉴定人员不具备相关资质的；鉴定程序严重违法的；鉴定意见明显依据不足的；鉴定意见不能作为证据使用的其他情形。

第二，申请程序。申请重新鉴定应当向法院或检察院提出，说明申请理由和依据。

第三，审查决定。法院或检察院对重新鉴定申请进行审查，决定是否准许。

第四，鉴定机构选择。准许重新鉴定的，可以由双方当事人协商确定鉴定机构，协商不成的由法院指定。

张泽生律师提醒，当事人对鉴定意见有异议的，应当在法定期限内提出申请，并提供充分的理由和依据。