侵犯商业秘密罪与侵犯著作权罪的主要区别如下：

第一，保护的法益不同。侵犯著作权罪主要保护著作权人的著作权和相关权益；而侵犯商业秘密罪保护的是商业秘密权利人对商业秘密的所有权和市场竞争秩序。

第二，犯罪对象不同。侵犯著作权罪的犯罪对象是著作权法保护的作品，包括文学、艺术和科学作品等；而侵犯商业秘密罪的犯罪对象是商业秘密，即技术信息和经营信息。

第三，行为方式不同。侵犯著作权罪表现为未经著作权人许可，复制发行、通过信息网络向公众传播其作品等；而侵犯商业秘密罪表现为以不正当手段获取、披露、使用商业秘密等。

第四，犯罪成立条件不同。侵犯著作权罪要求违法所得数额较大或者有其他严重情节；而侵犯商业秘密罪要求给权利人造成重大损失等。

需要注意的是，如果计算机软件既涉及著作权又涉及商业秘密，则可能同时构成两罪，实践中应当具体分析。

张泽生律师建议，对于涉及软件的知识产权纠纷，应当综合考虑适用著作权法还是反不正当竞争法、刑法的保护。