商业秘密侵权案件的证据保全可以通过以下方式进行：1. 公证保全：对侵权行为进行公证取证；2. 法院证据保全：在诉讼中向法院申请证据保全；3. 行政机关保全：在行政投诉中由行政机关进行证据保全；4. 刑事侦查取证：在刑事案件中由公安机关进行侦查取证。

公证保全具有证据效力强的优点，是商业秘密侵权案件中常用的取证方式。张泽生律师可协助企业进行证据保全，联系电话：13901509672。